Город был основан древними лузитанами и поначалу назывался Эборой. В 80-72 гг. до н.э. служил резиденцией мятежного полководца Сертория. В ознаменование привилегий, дарованных городу Цезарем, он был переименован в Liberalitas Julia.
В 712 г. Эвора была завоёвана маврами, которые называли её Жабурой. Для освобождения Эворы первый португальский король основал Ависский орден рыцарей, в распоряжение которого Эвора и была передана после её освобождения от мавров в 1166 году. В XV и особенно XVI веках, при монархах Ависской династии, Эвора часто служила местом пребывания королевского двора. Это время считается её золотым веком.
